Pelaksanaan UU Sistem Keolahragaan Nasional sejak tahun 2005 terdapat permasalahan dalam implementasinya, antara lain:
a. Aspek Substansi Hukum
1) Penjelasan Pasal 19 ayat (1): “olahraga rekreasi merupakan kegiatan olahraga waktu luang” dikaitkan dengan definisi olahraga rekreasi dalam Pasal 1 angka 12 menimbulkan persepsi negatif bahwa olahraga rekreasi tidak dilaksanakan secara teratur
2) Adanya disharmoni tanggung jawab dan kewenangan penyelenggaraan olahraga rekreasi dalam UU SKN dengan UU No. 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah. UU SKN tidak menyebut FORMI sebagai koordinator yang menaungi seluruh cabor rekreasi, sehingga FORMI kurang diakui sebagai salah satu komite olahraga nasional.
3) Terdapat istilah/frasa mengenai pengaturan olahraga penyandang cacat dalam materi muatan UU SKN dan peraturan pelaksanaannya yang sudah tidak sesuai setelah disahkannya UU No. 8 Tahun 2016 tentang Penyandang Disabilitas
4) Dalam hal pengelolaan olahraga penyandang disabilitas, perlu dipertimbangkan untuk penggabungan organisasi National Paralympic Commite Indonesia (NPC) yang menaungi olahraga penyandang disabilitas bagi penyandang disabilitas fisik dan Spesial Olympic Indonesia (SOIna) yang menaungi olahraga penyandang disabilitas bagi penyandang disabilitas mental.
5) Pengunduran Diri Organisasi National Paralympic Committee Indonesia sebagai Anggota KONI menyebabkan ketidakjelasan posisi Organisasi NPC daerah di dalam struktur pemerintahan daerah.
6) Organisasi penyandang disabilitas yang lain seperti Special Olympics Indonesia (SOIna) yang mengurusi olahraga penyandang disabilitas intelektual juga belum terakomodasi dan terfasilitasi dengan baik karena belum diakui dan bukan bagian dari KONI Daerah atau NPC Daerah di tingkat provinsi dan kabupaten/kota.
b. Aspek Kelembagaan/Struktur Hukum
1) Tugas dan Kewenangan Pemerintah
a) Adanya tumpang tindih kewenangan antara KONI dan KOI, terutama dalam hal pembinaan atlet untuk mengikuti kejuaraan skala internasional. Lebih jauh, pembentukan Satlak Prima juga menimbulkan berbagai permasalahan yaitu tidak terpenuhinya pencapaian prestasi atlet nasional ditingkat internasional serta macetnya koordinasi antara pengambilan keputusan dan pelaksanaan prestasi olahraga.
b) Terdapat permasalahan transisi kewenangan dari Satlak PRIMA kepada KONI dan KOI juga masih terkendala dan tidak efektif sampai saat ini.
c) Dengan memperhatikan bentuk dan status organisasi olahraga di dunia, maka kondisi badan organisasi olahraga di dunia, maka kondisi badan organisasi olahraga yang ada di Indonesia perlu dipertimbangkan lebih lanjut. Adapun alternatif solusi adalan menggabungkan KONI dan KOI menjadi satu dengan nama KONI, yaitu Komite Olimpiade Nasional Indonesia sebagai NGO.
d) Perlu dibentuk semacam “Sport Council” atau badan pembina olahraga nasional sebagai Government Organization. Menteri Olahraga sekaligus sebagai ex officio Ketua Umum “Sport Council” agar fungsi dan peran pemerintah lebih jelas.
2) Tugas dan Kewenangan Pemda
a) Berdasarkan Pasal 12 ayat (2) huruf m UU No. 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah, kepemudaan dan olahraga merupakan salah satu urusan pemerintah wajib yang tidak berkaitan dengan pelayanan dasar. Kemudian pada Pasal 18 ayat (4) huruf a PP No. 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah diatur bahwa urusan kepemudaan dan olahraga dapat digabungkan dengan pendidikan, kebudayaan, dan pariwisata.
b) Kemenpora mengeluarkan Permenpora No. 33 Tahun 2016 tentang Pedoman Nomenklatur Perangkat Daerah dan Unit Kerja pada Dinas Pemuda dan Olahraga. Dalam Pasal 2 ayat (2), dan ayat (3) disebutkan bahwa urusan kepemudaan dan olahraga wajib diselenggarakan oleh semua daerah provinsi dan kab/kota dan diwadahi dalam bentuk dinas pemuda dan olahraga daerah provinsi dan kab/kota. Pentingnya pemisahan urusan keolahragaan dengan urusan pendidikan, kebudayaan, dan pariwisata menjadi pembinaan dan pengembangan keolahragaan tidak optimal.
c) Pemerintah daerah belum mampu mengkordinasikan pembinaan dan pengembangan olahraga karena belum adanya peraturan daerah tentang keolahragaan. Contoh: Provinsi Bali, dan Papua
d) Pengelolaan Keolahragaan
a) UU SKN tidak menyebabkan tumpang tindih pengaturan kewenangan antara Pemerintah, pemda, dan Komite Olahraga Nasional, KOI, dan induk organisasi cabor. Hal ini sejalan dengan pendapat MK dalam Putusan No. 19/PUU-XII/2014. Maka perlu penegasan bentuk kerjasama antar K/L dalam pelaksanaan pengelolaan keolahragaan.
b) Pasal 36 UU SKN yang menyatakan “Induk organisasi cabang olahraga membentuk suatu komite olahraga nasional yang bersifat mandiri”. Berdasarkan Putusan MK No. 19/PUU-XII/2014, dalam rangka memberikan kepastian hukum terhadap pengelolaan keolahragaan nasional, MK memaknai frasa “komite olahraga” dalam Pasal 36 ayat (1), (2) dan (3), Pasal 37 ayat (1), (2) dan (3), Pasal 38 ayat (1), (2) dan (3), Pasal 39, dan Pasal 46 ayat (2) UU SKN harus dimaknai “Komite Olahraga Nasional Indonesia dan komite olahraga nasional lainnya” dengan pertimbangan bahwa frasa komite olahraga merupakan entitas yang umum/beragam dan tidak mengandung satu artian dan MK menilai adanya beberapa komite olahraga nasional yang akan dibentuk oleh induk organisasi cabang olahraga justru menunjang perkembangan olahraga nasional dan pada praktiknya KONI bukan merupakan satu-satunya komite olahraga di Indonesia.
c) Larangan Rangkap Jabatan Pengurus KONI
a) Pasal 40 UU SKN tidak mengatur secara tegas mengenai pelarangan rangkap jabatan, rumusannya adalah “tidak terikat dengan kegiatan jabatan struktural dan jabatan publik”. Dalam pelaksanaannya, masih terdapat kepengurusan KONI baik di tingkat pusat maupun daerah provinsi dan kabupaten/kota yang dipimpin oleh pejabat struktural dan pejabat public
b) Perlu adanya pengaturan yang tegas dan tidak multitafsir dalam hal larangan rangkap jabatan pengurus KONI maupun Cabang Olahraga dengan Jabatan Publik.
d) Pengembangan IPTEK Keolahragaan
a) Pelaksanaan penelitian belum mengarah pada penggalian akar masalah keolahragaan nasional sehingga hasilnya tidak dapat dijadikan referensi perbaikan sistem keolahragaan nasional.
b) Pemerintah dan pemerintah daerah belum dapat memfasilitasi pengembangan IPTEK keolahragaan dan perguruan tinggi serta lembaga Pengembangan IPTEK Keolahragaan dapat berkontribusi aktif untuk bidang keolahragaan. Belum optimalnya pengembangan IPTEK mempengaruhi kemajuan prestasi olahraga nasional.
c) Dalam prakteknya, IPTEK keolahragaan di Indonesia masih belum dapat diterapkan.
d) Permasalahan penghargaan
a) Bentuk jaminan hari tua kepada olahragawan yang berprestasi dan/atau berjasa dalam memajukan olahraga belum mencerminkan jaminan terhadap pemenuhan kebutuhan dasar dan belum memberikan kepastian hukum bagi olahragawan berprestasi.
b) Tidak adanya aturan mengenai kesamaan besaran pemberian penghargaan menyebabkan pemerintah daerah memberikan penghargaan yang berbeda-beda. Hal ini didasari karena potensi dan kemampuan daerah berbeda yang menimbulkan terjadinya perpindahan atlet yang memberikan bonus lebih besar.
c) Perlu diberi rumusan yang jelas mengenai batas pensiun atlet untuk menjamin program pemberian Jaminan Hari Tua untuk atlet tersebut dan program peremajaan atlet perlu terus-terusan dijalankan untuk menjamin regenerasi atlet supaya atlet yang mencapai usia pensiun sudah dapat fokus mempersiapkan masa pensiunnya karena sudah ada atlet muda yang siap menggantikannya.
d) Mengingat keterbatasan kemampuan negara, perlu untuk dipertimbangkan pemberian penghargaan diprioritaskan untuk atlet berprestasi tingkat Olimpiade, maupun Asian Games terlebih dahulu, karena mereka telah mengharumkan nama Indonesia di mata dunia. Selain itu, para atlet perlu diberikan bimbingan karir supaya pelaku olahraga mendapatkan pilihan melanjutkan karir setelah pensiun di dunia olahraga.
e) Perlu dibuat standarisasi bonus atau penghargaan terhadap atlet agar perpindahan atlet tidak dilatar belakangi oleh materi semata dan juga perlu dibuat peraturan yang mengatur pembinaan atlet daerah.
f) Industri olahraga
Pasal 78 sampai dengan Pasal 80 UU SKN tidak dapat diimplementasikan karena tidak adanya regulasi ataupun panduan yang secara teknis menjabarkan perintah UU SKN tentang industri olahraga
g) Standarisasi, sertifikasi, dan akreditasi keolahragaan
Peran Badan Standarisasi dan Akreditasi Nasional Keolahragaan (BSANK) sebagai badan yang melakukan standardisasi dan akreditasi belum efektif sampai saat ini, dikarenakan BSANK masih belum menjadi satu-satunya lembaga yang melakukan standarisasi, akreditasi, dan sertifikasi keolahragaan
h) Pengawasan
BOPI dibentuk oleh Pemerintah bertugas mengawasi olahraga profesional, dalam prakteknya hanya mengawasi 5 cabang olahraga profesional yang sudah terdaftar di BOPI yaitu sepak bola, golf, dansa, muay thai, mixed martial art. Hal ini menimbulkan permasalahan terutama kepada cabang olahraga profesional lain yang masih belum diawasi oleh BOPI maka pengawasan eksternalnya menjadi tidak jelas dan berpotensi terjadi pelanggaran-pelangggaran di dalamnya
i) Penyelesaian sengketa
Penyelesaian masalah melalui jalur arbitrase, dinilai belum efektif menyelesaikan sengketa keolahragaan yang salah satunya permasalahan dualisme kepengurusan organisasi olahraga.
c. Aspek Sarana dan Prasarana
Secara normatif, substansi UU SKN yang mengatur penyediaan sarana dan prasarana sudah memadai, namun dalam impelementasinya belum optimal, dikarenakan:
j) Keterbatasan anggaran;
k) Komitmen Pemerintah dan pemerintah daerah kurang dalam pengadaan sarana dan prasarana.
d. Aspek Pendanaan
1) Pengalokasian pendanaan yang belum maksimal oleh Pemerintah dan Pemerintah Daerah
2) Kemampuan daerah dalam menyediakan dana olahraga dan hibah yang tidak dapat dilakukan secara terus menerus dapat menghambat pembinaan dan pengembangan keolahragaan di daerah.
3) Bahwa kedudukan organisasi olahraga sebagai salah satu penerima hibah belum memiliki kejelasan, Hal tersebut berimplikasi kepada adanya kehatian-hatian bagi pemerintah daerah dalam memberikan hibah kepada organisasi olahraga.
4) Seluruh organisasi keolahragaan dan KONI provinsi dan kab/kota saat ini menggunakan dana hibah yang dianggarkan dalam kelompok belanja langsung yang berupa barang atau jasa yang diformulasikan kedalam program dan kegiatan, kemudian ditetapkan dan diajukan kepada Dinas Kepemudaan dan Olahraga. Organisasi olahraga belum mampu untuk melaksanakan ketentuan money follows program tersebut.
e. Aspek Budaya Hukum
1) Kurangnya sosialisasi UU SKN dan peraturan pelaksanaanya, berakibat pada tidak optimalnya penyelenggaraan keolahragaan di pusat dan daerah karena minimnya pengetahuan pemerintah daerah terhadap instrumen hukum yang mengatur urusan olahraga dan rendahnya partisipasi masyarakat terhadap penyelenggaraan olahraga khususnya terkait dengan proses pembinaan dan pengembangan olahraga.
2) Kebijakan Pemerintah dan pemerintah daerah yang belum optimal dalam penentuan target/prestasi olahraga berdampak pada penurunan pencapaian prestasi.
3) Minimnya tingkat kesadaran masyarakat terhadap peran dan dampak olahraga