Setelah UU Desa dilaksanakan selama 5 (lima) tahun, terdapat isu-isu penting dalam hal penyelenggaraan pemerintahan desa di Indonesia, antara lain:
1) Dalam aspek substansi hukum, antara lain:
a. Pasal 1 angka 1 UU Desa mengatur bahwa “desa adalah desa dan desa adat atau yang disebut dengan nama lain, selanjutnya disebut desa…”, pengaturan tersebut menunjukkan adanya 2 entitas desa yakni desa dan desa adat namun frasa “selanjutnya disebut desa” tersebut berimplikasi pada timbulnya multitafsir pada pasal-pasal lainnya dalam hal pengaturan desa dan desa adat.
b. Pasal 1 angka 16 dan Penjelasan Umum UU Desa yang menyebutkan bahwa menteri yang menangani desa saat ini adalah Mendagri berpotensi menimbulkan tumpang tindih kewenangan dengan Kemendesa PDTT.
c. Pasal 33 UU Desa mengatur beberapa persyaratan calon kepala desa memiliki kendala terutama dalam hal syarat pendidikan paling rendah tamat sekolah menengah pertama yang berimplikasi pada kualitas kepemimpinan, dan syarat minimal terdaftar 1 (satu tahun) sebagai penduduk desa yang telah dibatalkan oleh Mahkamah Konstitusi menyebabkan tujuan pembangunan desa menjadi terhambat.
d. Pasal 39 UU Desa mengatur ketentuan kepala desa dapat menjabat selama 6 tahun selama paling banyak 3 (tiga) kali masa jabatan secara berturut-turut akan berpotensi terjadi penyalahgunaan kekuasaan (abuse of power) di desa.
e. Pasal 100 ayat (1) UU Desa terkait perubahan status desa menjadi desa adat dan desa adat menjadi desa telah menimbulkan inkonsistensi dengan semangat UU Desa yang memberikan jaminan dan pengakuan terhadap masyarakat hukum adat.
f. Pasal 100 ayat (2) UU Desa menyebutkan dalam hal desa beralih status menjadi desa adat dan desa adat beralih status desa berimplikasi pada peralihan kekayaan, baik kekayaan desa menjadi kekayaan desa adat maupun kekayaan desa adat menjadi kekayaan desa. Namun, dalam pelaksanaannya pengaturan ini telah menimbulkan inkonsistensi dengan semangat UU desa yang memberikan jaminan dan pengakuan terhadap masyarakat hukum adat selain itu pengaturan tersebut dapat memicu konflik sebab kekayaan desa adat tidak bisa beralih status menjadi kekayaan desa begitupun sebaliknya.
g. Pasal 101 ayat (1) UU Desa mengatur bahwa Pemerintah, Pemerintah Daerah Provinsi, dan Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota dapat melakukan penataan desa adat. Dimana penataan desa adat tersebut ditetapkan dalam peraturan daerah. Pada Pasal 102 UU Desa ditegaskan bahwa peraturan daerah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 101 tersebut berpedoman pada salah satu ketentuannya dalam Pasal 7 UU Desa terkait penataan desa yang salah satunya mengenai penetapan desa. Sesuai ketentuan Pasal 116 ayat (3) UU Desa terkait penetapan desa dan desa adat ditetapkan dengan peraturan daerah oleh pemerintah daerah kabupaten/kota paling lama 1 tahun setelah UU Desa diundangkan. Namun dalam pelaksanaannya, sampai dengan saat ini belum ada penetapan desa adat melalui peraturan daerah. Persoalan lain yang juga muncul dalam kaitannya dengan penetapan desa adat, yakni seperti hal nya di Provinsi Bali, tidak didaftarkannya desa adat secara formal karena berimplikasi pada kekayaan dan aset desa adat yang dikhawatirkan menjadi milik desa dinas (administratif).
2) Dalam aspek struktur hukum /kelembagaan, antara lain:
a. Adanya 2 (dua) kementerian yang menangani desa berimplikasi pada potensi tumpang tindih kewenangan dan berpotensi adanya duplikasi program. Hal ini disebabkan karena masing-masing kementerian mengeluarkan peraturan pelaksanaan yang berpotensi bertentangan seperti Permendagri Pengelolaan Keuangan Desa dan Peraturan Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi Nomor 16 Tahun 2018 tentang Prioritas Penggunaan Dana Desa Tahun 2019.
b. Terbatasnya kemampuan aparatur Pemerintah Desa dalam menyelenggarakan pemerintahan desa, pembangunan desa, dan pemberdayaan masyarakat desa,
c. Pelaksanaan Pasal 55 huruf c UU Desa yang memuat fungsi BPD dalam melakukan pengawasan kinerja kepala desa dinilai masih sangat lemah yang menyebabkan potensi korupsi kepala desa menjadi semakin terbuka.
d. Penjelasan Umum UU Desa menyebutkan bahwa kelembagaan desa salah satunya terdiri dari Badan Permusyawaratan Desa/Desa Adat. Namun dalam pelaksanaannya di Provinsi Maluku masih terdapat pemahaman bahwa Badan Permusyawaratan Desa sebagaimana yang diatur dalam Pasal 55 sampai dengan Pasal 65 adalah juga mencakup Badan Permusyawaratam Desa Adat padahal dalam Pasal 108 UU Desa telah tegas menyatakan bahwa pemerintahan desa adat menyelenggarakan fungsi permusyawaratan dan musyawarah desa adat sesuai dengan susunan asli desa adat atau dibentuk baru sesuai dengan prakarsa masyarakat desa adat.
e. Pasal 112 ayat (1) UU Desa mengatur mengenai pembinaan dan pengawasan yang dilakukan secara berjenjang oleh Pemerintah, Pemerintah Daerah Provinsi, dan Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota, namun dalam pelaksanaannya masih lemahnya pembinaan dan pengawasan terhadap aparatur Pemerintah Desa dalam menyelenggarakan pemerintahan dan pembangunan desa.
3) Dalam aspek pendanaan, antara lain:
a. Pasal 72 ayat (4) UU Desa yang mengatur ADD paling sedikit 10% (sepuluh persen) dari dana perimbangan yang diterima kabupaten/kota dalam APBD setelah dikurangi DAK, hal ini tidak banyak dipatuhi oleh pemerintah daerah karena UU Desa tidak mengatur perihal sanksi bagi pemerintah daerah yang tidak memenuhi ketentuan tersebut.
b. Penggunaan DD dalam pelaksanaannya belum sesuai dengan tujuan peruntukannya sehingga penyelewengan dana desa masih banyak terjadi.
c. Pasal 79 UU Desa mengatur mengenai perencanaan pembangunan desa, namun dalam pelaksanannya masih terdapat kepala desa yang terlambat dalam menetapkan APB Desa yang mengakibatkan terlambatnya penerimaan dana desa dan juga berdampak pada keterlambatan pelaksanaan pembangunan desa.
d. Permasalahan banyaknya BUM Desa yang tidak aktif karena kurangnya pembinaan dan keterbatasan modal operasional.
4) Dalam aspek sarana dan prasarana, antara lain:
a. kurangnya jumlah dan belum sesuainya kompetensi tenaga pendamping profesional yang dibutuhkan menyebabkan pembinaan dan pendampingan desa menjadi tidak optimal.
b. Pasal 86 ayat (2) UU Desa mengatur bahwa pemerintah dan pemerintah daerah wajib mengembangkan SID, namun sampai saat ini belum ada SID.
c. Dengan adanya beberapa kementerian yang menangani desa melahirkan indikator keberhasilan yang berbeda-beda yang berimplikasi pada beragam nya data yang dihasilkan terkait evaluasi pembangunan desa.
5) Dalam aspek budaya hukum antara lain:
a. Nilai kegotongroyongan masyarakat desa telah memudar yang menyebabkan menurunnya kesadaran masyarakat dalam pembangunan partisipatif desa mulai dari tahap perencanaan, pelaksanaan hingga pengawasan.
b. Pasal 100 UU Desa yang mengatur tentang perubahan status desa menjadi desa adat dan desa adat menjadi desa berimplikasi pada nili-nilai yang berlaku di masyarakat adat dimana nilai-nilai tersebut tidak dapat diseragamkan dan inkonsisten dengan semangat UU Desa yang memberikan jaminan dan pengakuan terhadap masyarakat hukum adat.